【全日制】
●普通科
普通教科の学習はもちろんのこと、情報の技術も学ぶことが可能。
一人ひとりの個性や特技を活かし、国公立大学等への進学や就職もできる。
単位制を活かして、自らの進路に合わせた授業を組み立てることができる。
●情報処理科
ビジネスに関する基礎的・基本的なことを学習する。
商業系の専門知識を持ち、パソコンを使いこなすことができる生徒を育成する。
全国商業高等学校協会の各種検定試験をはじめ、上級資格等にもチャレンジし、商業関係の学部のある大学への推薦入試も受けることができる。
【定時制】
日程
17：00～17：30 給食
17：35～17：40 ホームルーム
17：45～21：10 4時間の授業
全日制と同じように単位をとるため、通常は4年間通学する。
※通信制との併修や高校卒業程度認定試験を活用し、3年で卒業できる制度あり
●普通科
主として普通教科を学ぶが、情報処理関係の科目も選択できる。
●情報科学科（情報処理コース/科学技術コース/情報科学専修コース）
情報処理コース
希望に合わせた専門科目の教科や、普通科目の選択もできる。
科学技術コース
技能連携制度を導入している。
１・２年次に、熊本県立高等技術専門校総合建築家で専門教科を学び、３・４年次に本校で普通教科を学ぶ。
情報科学専修コース
生涯学習の視点より、専門教科を学びたい一般社会人（高等学校以上卒業者）を対象として、3年次から受け入れる。
【通信制】
●普通科
毎日登校して学習ができない人のために、日曜日か月曜日のスクーリング（面接指導）を受講し、自宅でレポート（報告課題）を作成して、その添削を受けながら学ぶ自学自習が中心の教育制度。
※スクーリング…通学して授業を受けること
湧心館高校：2週間に1回程度
協力校（鹿本高校、人吉高校、天草高校、芦北高校）：1か月に1回程度（日曜スクーリングのみ）
修業年限は4年だが、入学後条件を満たせば３年でも卒業できる