●普通科（2年次に文系と理系に分かれる）
SSH（スーパーサイエンスハイスクール）で海外にチャレンジ！
SSHとは、先進的な理数教育の充実を図り、国際的視野を持ち合わせた科学技術人材を育成する文部科学省指定の取組。
天草高校SSHの研究開発課題は、
「地域の豊かな自然環境の中で多様な能力を身に付け、世界に飛躍する科学技術人材の育成」。
天草サイエンスⅠ・Ⅱ・Ⅲ（通称ASⅠ・Ⅱ・Ⅲ）
ASⅠは1年生全員が取り組む、天草の課題解決を目指した探究活動。
ASⅡ・Ⅲは、2年生・3年生ASクラス選択者が取り組む、ASⅠよりも科学的な手法で天草の課題解決を目指す探究活動。
SSH関西研修
関西研修では、企業研修（昨年度は（株）ダイキン工業、（株）大陽日酸、（株）塩野香料）と大学（大阪大学）や研究所（理化学研究所）研修を実施ている。
研修を通じて、自分の研究が日本国内でどのように評価されるのか考え、海外への土台とする。
SSHマレーシア海外研修
マレーシア研修では、クアラルンプールのマラヤ大学にてASⅠやⅡで研究した成果をもとにして、マレーシアの課題を解決するための提案を行う。
他にも、現地で活躍される方々（ルネサンス、日本大使館）からの研修を受けたり、自然の調査を実施する。