●普通科 144名（前期24名）
地域に根ざした学びを通じて、自ら課題を見つけ、積極的に探究し、将来を切り拓く力を身につけます。
進路決定率 100％！
特色のある科目：阿蘇学（総合的な探求の時間）
普通科では3年間を通じて探究活動を行います。1年次は阿蘇について、2年次は興味のある分野から設定したテーマについて、3年次はそれぞれの進路目標に応じた活動を行います。この学習を通して、自ら課題を見つけ、解決していく力を身につけます。
2年次から「S類型」と「A文類型・A理類型」の２つのコースに分かれる。
・S類型
「S」はスタンダード（標準的）を意味している。私立4年制大学や専門学校、就職、公務員など多様な進路希望に対応している。
多様な選択科目や、独自の総合選択制の授業、ボランティア活動など様々な学習を通じて、自分の進路希望を叶えていくことができる。
・A文類型・A理類型
「A」はアドバンス（進歩発展的）を意味している。
国公立4年制大学を志望する生徒を対象にしている。発展的内容や演習に加え、模擬試験や資格検定試験にもチャレンジする機会がたくさんある。また、他校の生徒と学習する機会を設けて、切磋琢磨しながら学力向上を目指す。
主な資格
・日本漢字能力検定
・実用英語技能検定
・数学検定
・GTEC
・全国高等学校家庭科食物調理技術検定
・全国高等学校家庭科保育技術検定 など
●総合ビジネス科 60名（前期20名）
人と人とをつなぐ未来のビジネスリーダーの育成を目指す。簿記会計や情報処理、商業経済等の検定やITパスポート等の資格取得を目指しながら、地域社会の経済発展に寄与する能力と態度を身につける。
進路決定率 100％！
専門科目：情報処理・ビジネス情報
これらの授業では、中学校の技術の授業で学んだ情報処理をベースに、表計算ソフトExcelを使用し、関数やネスト、グラフやマクロプログラムの学習をする。また、文書作成ソフトWordを使用し、タッチメソッドを習得するとともに複雑な文書作成も学習する。
選択科目（2年次から）
・「原価計算」or「マーケティング」
「原価計算」は、製品の原価を簿記で考える。経理の仕事や製造業に必要。簿記検定の「原価計算」合格も目指す。
「マーケティング」は、商品・価格やプロモーション等、販売や営業を学ぶ。商業経済検定の「マーケティング」合格も目指す。
・「財務会計Ⅱ」or「プログラミング」
「財務会計Ⅱ」は、会計学を学ぶ。簿記実務検定1級「会計」合格を目指す。経理のプロへの入り口。
「プログラミング」は、プログラミング言語とアルゴリズムを学習する。情報処理検定の「プログラミング」合格も目指す。
主な資格
・全国商業高等学校協会：簿記実務検定、珠算、電卓実務検定、情報処理検定、ビジネス文書実務検定、商業経済検定、英語検定
・日本商工会議所：日商簿記検定（2級・3級・初級）
・独立行政法人情報処理推進機構：ITパスポート など
●農業食品科 60名（前期20名）
地域社会の発展を推進する農業経営者及び地域産業の担い手を育成したり、地域農作物を材料とした、安心・安全な食品の加工・製造技術を身につけた人材育成を目指す。
進路決定率 100％！
コース選択（2年次から）
・担い手育成類型
季節を代表する草花（シクラメンや花苗）、野菜（メロン、イチゴ、ブドウ）、豚や阿蘇特産のあか牛についての専門的な学習を通し、地域農業を支える農業経営者や地域産業の担い手を育成する。
・食品科学類型
ジャムやクッキー、パンやハム、味噌など、添加物を少なくし安心・安全にこだわった食品の加工・製造に取り組んでいる。
食品製造・加工の分野を得意とするスペシャリストを育成する。
主な資格
・小型ボイラー取扱者
・食品衛生責任者
・食物調理技術検定
・ビジネス文書実務検定
・危険物取扱者（丙種、乙種）
・農業技術検定（2級・3級） など
●グリーン環境科 60名（前期20名）
森の温もりを感じながら、地域に密着し、技術職人・公務員の育成を目指す。
進路決定率 100％
コース選択（2年次から）
・森林資源活用類型
森林・林業について、演習林実習や研修を通して、専門的な知識と技術を身につける。森林環境保全など持続可能な森林整備に取り組んでいる。
・環境デザイン類型
農業土木における現場実習や研修を通して、専門的な知識と技術を身につける。
地域の土地改良、農地の基盤整備に取り組んでいる。
主な資格
・測量士補
・刈払機取扱特別講習
・伐木（チェーンソー）取扱特別講習
・小型車輌系建設機械特別講習
・高所作業車特別講習
・危険物取扱者（丙種・乙種）
・土木施工管理技士（環境類型のみ）
・ビジネス文書実務検定 など
●社会福祉科 60名（前期20名）
社会に必要とされる福祉のプロフェッショナルとなる人材を育てている。知識や技術だけではなく、相手を思いやる心を、授業や福祉実習を通して身につけていく。
進路決定率 100％！
コース選択（2年次より）
・介護福祉類型
社会に必要とされる介護福祉士を目指している。そのため、介護福祉類型では、最年少で国家資格の介護福祉士になれるよう、3年間で53日間介護実習を行う。また、授業では国家試験に向けて日々学習している。
・保育士類型
福祉を子育ての観点から、保育、食育、音楽などを学ぶ。将来、保育士を目指している生徒が、専門学校より一足先に、保育士に必要とされる知識を学び、保育園実習などを行う。家庭科保育技術検定取得にも取り組んでいる。
主な資格
・国家資格 介護福祉士（介護福祉類型）
・家庭科保育技術検定（保育類型）
・家庭科食物調理検定
・介護職員初任者研修
・ビジネス文書実務検定 など